للهيئة الآن هيكل تنظيمي مجاز من رئاسة مجلس الوزراء وقعه رئيس الجمهورية في يونيو 2004 م . منذ أن تم تحويل المصلحة الي الهيئة في عام 1995 م تعتمد على مواردها الذاتية وتوفي بالتزاماتها المالية ورغم قلة هذه الموارد فقد شهدت الهيئة تطوراً كبيراً أدى الي توسع شبكة الرصد الجوى وشبكة محطات قياس الأمطار وتحديث وتنوع الأجهزة وتغطية معظم إحتياجات البلاد لهذا التخصص